שומרונים בדומה ליהודים אוכלים אך ורק בהמות הכשרות ע"פ התורה- בהמות טהורות בלבד, אך עם הבדל אחד; השומרונים אוכלים בשר ועופות שנשחטו אך ורק ע"י שוחט שומרוני, בשר שנשחט בכל שחיטה אחרת, אינו כשר ולכן אינם אוכלים בשר ועופות במסעדות, אירועים וכד'.
ישנם מספר שוחטים שהוסמכו לכך בקהילה שתפקידם לשחוט עבור בני הקהילה. בעת השחיטה על השוחט להיות טהור לפחות 24 שעות לפני שחיטה (נגיעה במת, קרי לילה נחשב לטמא). השחיטה נעשית בעזרת סכין שחיטה קרמית מיוחדת ונבדקת מספר פעמים לפני השחיטה, על מנת לצמצם כל סיכוי של סבל לבהמה או לעוף הנשחטים. השוחט מעביר את להב הסכין פעם אחת בלבד על צוואר הבהמה, אשר ראשה פונה לכיוון הר גריזים. בהמה שלא מתה בהעברת סכין אחת אינה כשרה למאכל. תוך כדי השחיטה נושא השוחט תפילה חרישית.
את רגלה הימינית של הבהמה ע"פ המצווה, תורמים למשפחת הכהונה, שכן רק הם רשאים לאכול את רגל ימין של הבהמה. ציווי נוסף הוא האיסור לאכול את גיד הנשא בבהמה שאותה השומרונים לא אוכלים אלא זורקים.
