הכהן הגדול הוא התפקיד החשוב והמכובד ביותר בקהילה השומרונית. אין בחירות לתפקיד הכהן הגדול, בתפקיד הכהן הגדול מכהן המבוגר ביותר ממשפחת הלויים. השומרונים מאמינים כי רצף הכהונה הגדולה נשמר מימי אהרון הכהן ועד היום (134 דורות). הסכסוך בין עלי הכהן ועזי בן-חקי עוד לפני בית שני, גרם לעלי הכהן לעזוב בכעס לשילה, כשהבין שלא יירש את הכהונה מאחר ואינו משוייך לזרע פנחס בן אלעזר בן אהרן. עזי בן-בקי ירש את הכהונה וכיהן בהר-גריזים.
כהן גדול בקהילה השומרונית לבוש בתפילות וטכסי הדת, בגלימה צבעונית ומהודרת ולראשו מצנפת בד. הכהן הגדול אינו מקצץ את שערות ראשו וזקנו וחל עליו איסור על יין ושכר ביום שבת. כמו כן חל עליו איסור בתורה להינשא לאשה גרושה, אלמנה או נוכריה (ויקרא פרק כא') שכן הכתוב מחמיר עם הכהן הגדול בכל הנוגע לענייני טומאה וקודש. היות וכך, הכתוב לא מתיר לזרע כהן אשר נמצא בו מום כלשהו (עוור, אילם, עצם שבורה וכו') לתפקד ככהן גדול.
במידה ונפטר כהן גדול בקהילה, מיד מקבל את תפקיד הכהן הגדול הבא אחריו לפי גילו, בשיטת "המלך מת, יחי המלך החדש". לא יכול להיות מצב שבו תפקיד הכהן הגדול לא מאויש.