שומרונים מחולון כמו כל אזרחי ישראל משרתים בצה"ל בשירות סדיר במשך 3 שנים. השומרונים משרתים בבסיסים שונים ובתפקידים שונים. חלקם בשירות קרבי וחלקם בבסיס קרוב לבית.
בהתאם להסדר עם הרב הראשי של צה"ל, ישנן מספר הקלות להן זוכים השומרונים – ההקלות כדוגמת לינת בית, שירות קל"ב ומיוחדת בחגים השומרונים מקלים את השתלבותם של השומרונים במסגרת הצבאית ואינם עומדים בסתירה לדת. בנוסף, שומרונים ממשפחת הכהונה אינם מחוייבים לשרת בצה"ל.
בדור הנוכחי, ניתן לראות כי המודעות והמוטיבציה לשירות בצה"ל בקרב צעירי הקהילה גובר , וכיום, שומרונים ממשפחת הכהונה אף מוותרים על זכותם לא לשרת ומתגייסים. כמו כן, ישנם שומרונים המוותרים על תנאי השירות הנוחים ומעדיפים לשרת ביחידות קרביות ומובחרות בצה"ל.
חיילים משוחררים מחוייבים אף לשירות מילואים, ומספר אנשים בקהילה אף משרתים בקבע כקצינים וכנגדים בבסיסים שונים בארץ.
חיילים שומרונים בפתח בית הכנסת
לשומרונים המתגוררים בהר-גריזים מבחינה פוליטית וגיאוגרפית, לא קל לשרת בצה"ל. השומרונים בהר גריזים מתגוררים בסמוך לשטח עוין (שכם), ולומדים ועובדים בצמוד לאוכלוסיה הערבית של העיר, לכן הן מעדיפים שלא לשרת בצה"ל ולא להסתכן בעוינות מצד שכניהם.
